政府收支分類改革對事業(yè)單位財務(wù)管理產(chǎn)生的影響包括以下方面：
第一，清除了預(yù)算、核算和決算一體化的障礙。預(yù)算、核算、決算一體化是公共財政體制下未來政府財務(wù)管理的必然趨勢，但長期以來，由于各種制度、體制、管理、技術(shù)等原因，政府財政管理、部門內(nèi)部的預(yù)算、核算、決算存在兩張皮現(xiàn)象，導(dǎo)致一系列財務(wù)管理的問題。國家目前大力推進的部門預(yù)算、國庫集中支付、政府采購等管理改革，已經(jīng)為預(yù)算、核算和決算創(chuàng)造了有利條件，本次政府收支分類改革，可以說是從制度上徹底地消除了預(yù)算、核算和決算一體化的障礙，從技術(shù)上實現(xiàn)預(yù)算、核算和決算一體化成為可能。
第二，有利于實現(xiàn)政府預(yù)算收入的完整性。雖然實行部門預(yù)算后，事業(yè)單位已經(jīng)實行大收大支的預(yù)算體系，但上報人大審批的政府預(yù)算一般只包括一般預(yù)算收支和政府性基金，實行新的政府收支分類改革將預(yù)算外資金和社會保障基金納入政府收入體系，有利事業(yè)單位加強非稅收入的管理。
第三，為細化部門預(yù)算提供了重要條件。單設(shè)支出經(jīng)濟分類對進一步規(guī)范預(yù)算管理具有十分重要的意義。改革后的支出經(jīng)濟分類可以更加全面、明晰地反映支出情況。在編制部門預(yù)算時，每一筆支出都同時列在功能支出和經(jīng)濟支出的框架中，這種三維結(jié)構(gòu)體系可以清楚看出這個部門做了哪些事，錢花在了哪些方面。改革后的功能分類，詳細列舉了“一般公共服務(wù)”、“外交”、“國防”、“公共安全”、“教育”、“科學(xué)技術(shù)”、“文化體育與傳媒”、“社會保障和就業(yè)”、“社會保障基金支出”、“醫(yī)療衛(wèi)生”、“環(huán)境保護”等科目設(shè)置，明確界定了公共支出的職責(zé)和供給范圍，剔除了那些市場能夠提供的支出，增加了應(yīng)由政府負責(zé)支出的項目。
第四，有利于提高事業(yè)單位會計核算。為適應(yīng)政府收支分類改革的需要，根據(jù)《財政部關(guān)于印發(fā)政府收支分類改革方案的通知》(財預(yù)[2006]13號)，事業(yè)單位有關(guān)會計核算調(diào)整內(nèi)容如下：在“財政補助收入”科目下設(shè)置“基本支出”和“項目支出”二級明細科目，并在二級明細科目下按照《2007年政府收支分類科目》中“支出功能分類科目”的“項”級科目設(shè)置明細賬，進行明細核算;在“事業(yè)支出”科目下設(shè)置“基本支出”和“項目支出”二級明細科目，并在二級明細科目下按照《2007年政府收支分類科目》中“支出經(jīng)濟分類科目”的“款”級科目設(shè)置明細賬，進行明細核算。其他執(zhí)行行業(yè)會計制度的事業(yè)單位，按照上述方法進行相應(yīng)調(diào)整，同時，事業(yè)單位應(yīng)設(shè)置“財政撥款支出備查簿”，逐筆登記每一項財政撥款支出的具體情況，并反映每個會計期末的財政撥款結(jié)余情況。此外新的支出經(jīng)濟分類新增了基本建設(shè)支出，反映各級發(fā)展與改革部門集中安排的用于購置固定資產(chǎn)、戰(zhàn)略性和應(yīng)急性儲備、土地和無形資產(chǎn)以及購建基礎(chǔ)設(shè)施、大型修繕所發(fā)生的支出;新增其他資本性支出，用于反映非各級發(fā)展與改革部門集中安排的用于購置固定資產(chǎn)、戰(zhàn)略性和應(yīng)急性儲備、土地和無形資產(chǎn)以及購建基礎(chǔ)設(shè)施、大型修繕所發(fā)生的支出和財政支持企業(yè)更新改造所發(fā)生的支出，將經(jīng)常性支出和資本性支出加以區(qū)分，這就為建設(shè)單位會計賬套并入事業(yè)單位會計賬套提供了條件，有利于提高事業(yè)單位會計核算，合理統(tǒng)籌安排各項資金，提高資金的使用效益。再者新的政府收支為引進權(quán)責(zé)發(fā)生制在事業(yè)單位的非經(jīng)營性收支核算中的應(yīng)用提供了基礎(chǔ)。
基于以上分析，事業(yè)單位應(yīng)進一步轉(zhuǎn)變理念，加強財務(wù)管理，引進新的預(yù)算編制方法;加強收支預(yù)測，建立績效評價體系，提高資金的使用效益;進一步細化預(yù)算編制，建立科學(xué)合理的預(yù)算指標體系;努力提高預(yù)算的科學(xué)性和可操作性。通過細化預(yù)算，將所有的預(yù)算指標都核定到具體項目，使大家清楚要辦哪些事，用多少錢，怎么用錢，做到責(zé)權(quán)利相統(tǒng)一，進一步細化預(yù)算執(zhí)行，按經(jīng)濟性質(zhì)分類科目執(zhí)行，預(yù)算執(zhí)行調(diào)整機制的建立。加強對事業(yè)單位會計人員的培訓(xùn)工作，提高管理水平，促使會計人員由注重財務(wù)核算管理向提高預(yù)算管理水平轉(zhuǎn)變。
