陳水扁國務(wù)機(jī)要費(fèi)案
中華民國前總統(tǒng)陳水扁因國務(wù)機(jī)要費(fèi)遭檢方密切偵訊搜索，馬英九面對新聞媒體詢問，指出一定會(huì)辦到底。陳水扁遭羈押禁見后，馬英九接受廣播電臺(tái)專訪，轉(zhuǎn)而強(qiáng)調(diào)尊重司法，并表示對中華民國前總統(tǒng)被收押的感覺是哀矜勿喜，會(huì)當(dāng)做自我警惕的例子。但未發(fā)表個(gè)人對陳水扁被羈押的看法。
支持度持續(xù)下滑
馬英九上任之后，從一開始的油價(jià)上漲政策反復(fù)、接連的原物料上漲。到股票市場跌價(jià)反應(yīng)了經(jīng)濟(jì)信心不足、消費(fèi)信心不足與政治信心不足外、接連政見跳票和意圖承認(rèn)中國大陸學(xué)歷，激起民眾對馬英九執(zhí)行能力的疑慮，造成支持度持續(xù)下滑。
兩岸關(guān)系需要新思維
2011年5月12日，馬英九在與美國華府智庫“戰(zhàn)略與國際研究中心”(CSIS)進(jìn)行視頻會(huì)議時(shí)發(fā)表看法時(shí)說到：“兩岸政治對話沒有時(shí)間表，目前還是以經(jīng)濟(jì)民生議題為主。”“兩岸關(guān)系要采取新思維，也就是放棄阻礙兩岸關(guān)系發(fā)展、過時(shí)的單邊主義模式。”馬英九同時(shí)強(qiáng)調(diào)。
2012選舉
2011年7月2日，中國國民黨第十八次全代會(huì)第二次會(huì)議正式通過了馬英九和吳敦義搭配參選下屆臺(tái)灣地區(qū)領(lǐng)導(dǎo)人的提名。馬英九在提名案通過后以候選人身份發(fā)表致辭，呼吁黨內(nèi)團(tuán)結(jié)，共同爭取勝選。他在談及兩岸關(guān)系時(shí)表示，若獲得連任，將繼續(xù)以“九二共識(shí)”為基礎(chǔ)，與大陸發(fā)展和平與繁榮的互動(dòng)關(guān)系。臺(tái)灣地區(qū)領(lǐng)導(dǎo)人選舉和臺(tái)灣地區(qū)“立法委員”選舉，將于2012年1月14日合并舉行。
馬英九 - 個(gè)人趣事
童年的志愿： 火車司機(jī)、交通警察。
童年的情史：幼稚園，曾暗戀班上一位漂亮小女生。
童年的糗事：偷坐牛車逛街、尿急下車在田埂旁當(dāng)眾小便。
學(xué)生時(shí)代最難忘的事：
1. 代表臺(tái)灣訪美七十天。
2. 摯友去世。
學(xué)生時(shí)代最喜歡的科目：文史。
學(xué)生時(shí)候最不喜歡的科目：化學(xué)。
學(xué)生時(shí)代交過的外國筆友：三個(gè)美國人
1.John Baker (男性；律師) 。
2.John Wayne (男性；地理老師) 。
3.Patek (女性；大學(xué)生) 。
可擔(dān)任大學(xué)課程：
1. 國際貿(mào)易法。
2. 國際公法。
3. 國際私法。
4. 海洋法。
5. 國際公法專題研究。
6. 航空法。
7. 英文法學(xué)名著選讀。
8. 兩岸關(guān)係法。
馬英九 - 政治作為
1、75年4-10月參與解除戒嚴(yán)之規(guī)劃幕僚工作。
2.76年春參與開放組黨及開放集會(huì)游行之規(guī)劃。
3.76年3月建議開放臺(tái)灣居民赴大陸探親并草擬相關(guān)辦法。
4.76年7月至77年1月規(guī)劃資深中央民代退職方案，反對設(shè)置“大陸代表”，推動(dòng)國會(huì)革新。曾接受國內(nèi)電視臺(tái)訪問，在“華視新聞廣場”中大談國會(huì)充實(shí)方案。78年李登輝公佈《第一屆資深中央民意代表退職條例》，國代張群首先響應(yīng)，決定退職。
5.全程參與《動(dòng)員戡亂時(shí)期人民團(tuán)體法》、《動(dòng)員戡亂時(shí)期國安法》、《動(dòng)員戡亂時(shí)期集會(huì)游行法》，當(dāng)時(shí)若干部門及人士的意見相當(dāng)保守，馬英九則對於集會(huì)游行的許可、政黨的成立條件，以及國安法中有關(guān)入出境、山防、海防的管制，以游行請?jiān)傅倪^來人做出開放性的建言，對政治革新有相當(dāng)?shù)呢暙I(xiàn)。
馬英九 - 馬英九特別費(fèi)案
事件回顧：2007年2月13日，臺(tái)北“地檢署”依“貪污治罪條例”中“利用職務(wù)機(jī)會(huì)詐取財(cái)物”將馬英九起訴，前臺(tái)北市府秘書余文被依貪污及偽造文書罪起訴。臺(tái)北地院8月14日一審宣判馬英九無罪。檢方不服一審判決結(jié)果提起上訴。二審10月初開始審理后，經(jīng)3次開庭，在11月30日辯論終結(jié)，于12月28日宣判馬英九無罪。檢方提起上訴。2008年4月24日“最高法院”駁回上訴，維持二審無罪判決。
全案審理大事記：
二00七年二月十三日，檢方偵結(jié)。依照起訴書所述，馬英九遭起訴罪名是貪污治罪條例“利用職務(wù)機(jī)會(huì)詐取財(cái)物”，認(rèn)定貪污所得總計(jì)新臺(tái)幣一千一百一十七萬六千二百余元。前臺(tái)北市府秘書余文被查出涉嫌貪污七十六萬元，依貪污及偽造文書罪起訴。此外，廖鯉、李克齊、孫振妮、方惠中、張鈞綸等市府員工，則遭緩起訴處分。
四月三日，臺(tái)北法院首度開庭，馬英九以“被告”身份陳述答辯意旨，包括自始認(rèn)為以領(lǐng)據(jù)核銷特別費(fèi)不是公款，更沒有在檢方訊問中“翻供”。
四月十七日，檢、辯提列證據(jù)清單，證人供述證據(jù)力檢辯展開攻防。
五月八日，臺(tái)北法院合議庭裁定包括法務(wù)部門發(fā)布咨詢意見書、馬英九在去年九月七日接受中天新聞專訪、九月十八日接受臺(tái)北市議員顏圣冠議會(huì)答詢內(nèi)容，以及馬英九辦公室主任廖鯉等證人證詞都具有證據(jù)能力。
五月二十二日，臺(tái)北法院合議庭裁準(zhǔn)檢辯傳喚包括前“行政院”副主計(jì)長張哲琛在內(nèi)十四位證人。
六月五日，張哲琛出庭，檢辯詰問充斥火藥味。公訴檢察官懷疑證人、被告及律師事先套招；律師回應(yīng)實(shí)施預(yù)審制度時(shí)，檢辯接觸證人，了解證人對待證事實(shí)了解到怎樣的程度有其必要。
七月三日，臺(tái)北法院傳喚馬英九擔(dān)任市長時(shí)的三位前后任秘書孫振妮、方惠中、孫麗珠作證。
七月十日，臺(tái)北法院傳喚劉靜蓉、吳麗洳與趙小菁三位前后任經(jīng)手特別費(fèi)的臺(tái)北市政府秘書處出納。其中吳麗洳在回答律師詰問時(shí)提及“檢方筆錄未能將她的陳述做完整記載”，因此律師向合議庭要求勘驗(yàn)檢方訊問光盤。
七月十九日，報(bào)載節(jié)錄檢方光盤訊問筆錄內(nèi)容，引發(fā)“筆錄制作不實(shí)”爭議；檢辯庭外動(dòng)作互嗆。
七月二十三日，臺(tái)北法院合議庭當(dāng)庭勘驗(yàn)光盤。對吳麗洳檢方證述筆錄爭議，審判長諭知判決書會(huì)交代。
七月二十四日，臺(tái)北法院提示相關(guān)證卷。包括逐一提示二十九位檢方證人的供述證據(jù)、三十六項(xiàng)的非供述證據(jù)等。
七月三十一日，臺(tái)北法院辯論終結(jié)。公訴檢方在論告階段，增列論罪法條，將“公務(wù)背信罪”納入，希望合議庭審酌馬英九是否涉及“公務(wù)背信罪”，并加重其刑至二分之一。
八月十四日，臺(tái)北法院宣判馬英九無罪。
同時(shí)因?yàn)楸灰镭澪奂皞卧煳臅锲鹪V的臺(tái)北市府秘書余文應(yīng)執(zhí)行有期徒刑兩年四個(gè)月，減為有期徒刑一年兩個(gè)月。
十二月二十八日，臺(tái)“高法”二審宣判，判馬英九無罪。余文應(yīng)執(zhí)行一年有期徒刑。
二零零八年一月九日，臺(tái)灣檢方認(rèn)為，因本案判決攸關(guān)首長特別費(fèi)性質(zhì)的認(rèn)定，未來確定判決的法律見解對偵審?fù)愋桶讣哂嘘P(guān)鍵性的指導(dǎo)作用，宜由“最高法院”就此爭議問題做出統(tǒng)一見解，較能避免同類案件的用法歧異，因此提起上訴。
三月大選揭曉后，“最高法院”書記官長林志斌表示，馬英九特別費(fèi)案的審理是審判獨(dú)立的問題，結(jié)果由承審法官自行定奪。
四月二十四日，臺(tái)灣“最高法院”召開記者會(huì)說明判決結(jié)果。臺(tái)“最高法院”刑事審判發(fā)言人宣布，駁回檢方上訴，馬英九無罪定讞；此外，余文上訴部分也被駁回�！�